Comme tout chat  de race à consanguinité importante, quelques maladies peuvent toucher le maine coon, la principale restant la Cardiomyopathie hypertrophique (HCM).

 Cardiomyopathie hypertrophique féline
(HCM)

 Chez le maine coon, cette maladie se transmet dans la plupart des cas sur un mode autosomique dominant au travers
d'une mutation du gène MYBPC de forme HMC1, qui est propre à la race et qui a fait l'objet d'un test adn spécifique. La mobilisation des éleveurs de maine coon contre cette maladie et leur collaboration avec les laboratoires en cardiologie aura permis la mise en œuvre de ce test ADN dont l'objectif à court terme est d'éradiquer cette forme de cardiomyopathie propre au maine coon et qui représente 70 % des cas connus dans la race. Il faut toutefois souligner que ce test ADN n'a pas valeur suffisante pour affirmer qu'un maine coon soit exempt de cardiomyopathie et ne reste qu'un outilpour l'éleveur : le suivi échographie avec Doppler couleur et DTI demeure
absolument indispensable dans le suivi des reproducteurs.

Polykystose Rénale PKD et Atrophie Musculaire Spinale
SMA

Bien que beaucoup moins présente que chez le persan, la polykystose rénale(PKD) se transmet par gène
autosomique dominant chez le maine coon. Le test de dépistage se fait par échographie (une seule échographie est suffisante, contrairement au HCM qui se dépiste tous les 1 à 2 ans), en même temps que le dépistage du HCM.
Il existe également un test ADN spécifique à la race, qui détecte les mutations du gène PKD1, responsable de la maladie. Celui-ci n'étant valable cependant que sur les lignées où le Persan est présent. Chez le maine coon on soupçonne également une forme de la polykystose rénale causée par une mutation du gène PKD2 mais les recherches ne permettent pas encore de l'affirmer complètement.

 La race peut également être atteinte d'atrophie musculaire spinale (SMA). Cette maladie restant extrêmement rare chez le maine coon cause la dégénérescence des neurones commandant les muscles.
Elle se transmet génétiquement sur un mode autosomique récessif. Là aussi, il existe un test de dépistage ADN afin de détecter les mutations du gène LIX1, responsable de la maladie.(source Wikipédia)